El Consejo Interno del Instituto de Investigaciones Jurídicas tiene a su cargo la facultad de proponer, elaborar y aprobar la reglamentación de aplicación general del Instituto, así como, conocer y opinar sobre los proyectos de presupuesto que elabora el Director.

Sobre la actividad de investigación institucional puede proponer y evaluar los proyectos de investigación y líneas de investigación institucionales.

Es el órgano de gobierno encargado de establecer los lineamientos mínimos de productividad académica y asegurar su cumplimiento, así como el opinar sobre las comisiones con goce de sueldo, cambios de adscripción y licencias académicas que se propongan al Consejo Técnico de Humanidades, sobre las solicitudes de disfrute de periodo sabático y el informe respectivo cuando el académico se reintegre a sus labores, y sobre las solicitudes de apoyo del personal académico para realizar o participar en eventos académicos.

Tiene la obligación de opinar sobre los candidatos que se presenten a los concursos convocados por el Instituto para cubrir las plazas de personal académico, sobre la recontrataciones y renovaciones de interinatos del personal académico, y en los concursos de oposición cerrados.