El Instituto cuenta con un director el cual se auxiliará para el desempeño de sus funciones, de la Secretaría Académica, del secretario administrativo, del jefe de la Unidad de Planeación y Relaciones Institucionales, del Coordinador de la Unidad de Extensión Académica y Proyectos Editoriales, del coordinador de la Unidad de Investigación Empírica, del jefe del Departamento de Publicaciones, del coordinador de la Unidad de Documentación de Legislación y Jurisprudencia, de la coordinadora académica de la Biblioteca, del coordinador de Difusión, Distribución y Fomento Editorial, del jefe del Departamento de Informática Jurídica, de los coordinadores académicos de las áreas de investigación y núcleos de investigación interdisciplinaria.

Los órganos de representación del Instituto son: La Dirección, el Claustro del Personal Académico y el Consejo Interno, los representantes del Personal Académico ante el Consejo Universitario, el Representante del Personal Académico ante el Consejo Técnico de Humanidades.

Los Directores del Instituto que hayan concluído el período para el cual fueron designados, tendrán el carácter de Consejeros ex oficio del Instituto.